Es wird angenommen, dass der Name des Flusses von dem der Stadt Großbottwar abgeleitet ist. Der Ort wurde bereits im Jahr 779 als Boteburon und 873 als Bodibura erwähnt. Der Fluss selbst wird erst im Jahr 1260 erstmals urkundlich als Botebor genannt. Der Ursprung des Namens ist nicht eindeutig geklärt. Einige leiten den Namen von der keltischen Bezeichnung "Siedlung im Überschwemmungsgebiet" oder "Sumpfsiedlung" ab. Eine andere Ableitung bezieht sich auf den germanischen Vornamen Bodo und deutet ihn als "Häuser des Bodo". In einer Urkunde von 1555 erscheint der Fluss unter dem Namen Altbach. Diese Bezeichnung setzte sich jedoch nicht durch. Die Bottwar entsteht nördlich von Prevorst, einem Ortsteil der Gemeinde Oberstenfeld in den Löwensteiner Bergen. Als Ursprung wird eine Quelle in der Kohlkammer angesehen, einer seitlichen Ausbuchtung des Öltals. Die Bottwar wird gleich nach der Quelle durch das Wasser einiger Bäche vom Stocksbergs verstärkt. Kurz vor Gronau (Gemeinde Oberstenfeld) tritt der Fluss aus dem Wald heraus und wird in der Folge durch den Zufluss mehrerer Bäche gestärkt, Beim Zusammenfluss mit dem Söhlbach bei Oberstenfeld hat sich das Landschaftsbild grundlegend gewandelt. Die Bottwar hat das Neckarbecken erreicht und fließt nun in einem offenen Tal, dessen Hänge stark vom Weinbau geprägt sind. Die Löss-Flächen in Flussnähe werden landwirtschaftlich genutzt. Auf der rechten Talseite befinden sich mit Wunnenstein, Forstberg und Köchersberg drei Zeugenberge der Löwensteiner Berge, auf der linken Talseite markieren Lichtenberg (mit der gleichnamigen Burg), Harzberg und Benning die südwestlichsten Ausläufer der Höhenzüge. Vorbei am Weiler Hof erreicht die Bottwar die Stadt Großbottwar, wo sie die Altstadt nach Süden hin begrenzt und die Kleine Bottwar aufnimmt. Vorbei an Kleinbottwar, fängt sie mit Erreichen des Muschelkalks noch an, ihr Tal ein wenig zu vertiefen, erreicht jedoch bald darauf bei Steinheim an der Murr ihre Mündung. Die Trasse der einstige Bottwartalbahn ist heute ein Radweg. Bis zum Austritt aus dem Wald oberhalb von Gronau liegt die Bottwar im Naturpark Schwäbisch-Fränkischer Wald. Das Quellgebiet an der Kohlkammer ist als flächenhaftes Naturdenkmal ausgewiesen. An vielen Teilen des Flusslaufes gibt es verschiedene Landschaftsschutzgebieten.
