Ursprünglich war wohl die fensterlose nördliche Langhauswand als Bildwand ausgeschmückt. Auch das Chorgewölbe trug Malereien. An den übrigen Wänden konnten keine Spuren alter Gemälde entdeckt werden. Ein Teil der Bilder wurde durch den Einbau einer Empore vernichtet, wertvolle Teile fielen Fensterdurchbrüchen zum Opfer. An der Langhauswand sind in zwei Reihen übereinander Szenen aus dem alten und neuen Testament aneinandergereiht. Einige Bilder sind jedoch beschädigt oder nur noch andeutungsweise zu erkennen. Im Chorgewölbe konnte man die Malereien fast ohne Verletzung der alten Zeichnung freilegen. Vermutlich hat der Maler die Zeichnung lediglich nach einem Vorentwurf frei auf den feuchten Wandputz aufgetragen. Festzuhalten ist, dass die Oberschüpfer Kirche eines der wenigen Beispiele südwestdeutscher Kirchenbauten ist, in denen die frühgotische Malerei im Langhaus wie im Chor fast vollständig erhalten ist. Über die Maler der Fresken ist nur wenig bekannt. Jedoch scheinen die Malereien in Oberschüpf, Urphar und Freudenberg aufgrund der künstlerischen Art und der Motive auf gleiche Schöpfer hinzudeuten. Es wir deshalb vom "Urpharer Meister" gesprochen. Entstanden sind die Malereien vermutlich allesamt Ende des 13. Jh.. Auch weiß man nicht, wer die Fresken in Auftrag gegeben hat. Gleiches gilt für die sechs erhaltenen Fresken an der Südwand der ev. Kirche in Unterschüpf, wobei die dortigen Bilder wohl eher aus dem 15. Jh. stammen dürften. Zu Diskussionen führt auch die Lage der Kirche vor den Toren der Gemeinde mitten im Tal und an einem Bach, was mehrfach Überflutungen durch Hochwasser zur Folge hatte. Markierungen zeigen deutlich, dass das Wasser oftmals hoch im Kirchenschiff stand, letztmals im Jahr 1984. Warum also diese Lage? Wenn man den Bau der ursprünglichen Kirche im 8. Jh. zugrunde legt, in einer Zeit der Missionierung also, waren die Missionare darauf bedacht, einstmals heidnische Plätze für den Kirchenbau zu übernehmen. An der Stelle der heutigen Kirche könnte sich in vorchristlicher Zeit ein Quellheiligtum oder ein anderer heiliger Platz befunden haben. Ähnliche Kirchenbauten außerorts findet man etwa in Standorf bei Creglingen (Ulrichskapelle) oder auch in Dörzbach (St. Wendel zum Stein). Ein solcher heiliger Grund könnte also durchaus für die Platzwahl von entscheidender Bedeutung gewesen sein. Vielleicht hängt der Standort aber auch mit einem ehemals direkt an der Kirche vorbeilaufenden Weg zusammen, der höchstwahrscheinlich auf der Route der so genannten "Hohen Straße" aus keltischer Zeit liegt. Ebenfalls strittig ist, ob die Anlage als Wehrkirche ausgelegt war. Einerseits gibt es die Vermutung, dass der Chorturm ursprünglich wie ein Bergfried von einer Plattform mit Zinnen abgeschlossen war. Das fensterlose Geschoss oberhalb der Wölbung des Altarraumes wird dabei als Rückzugsraum für die Bevölkerung gedeutet. In dieser Deutung ist gar von einer Kirchenburg mit einer ehemals umgebenden Mauer die Rede. Dieser These widerspricht aber eindeutig die Lage der Kirche, die nach allen Seiten hin ungeschützt und noch dazu in Tallage ist. Zu bedenken ist auch, dass ja oberhalb des Dorfes die Schenkenburg lag. Fest steht wohl nur, dass der obere Teil des Turmes später aufgesetzt wurde. Auch das Alter der Anlage ist durchaus umstritten, da es dazu keine Urkunden oder andere schriftliche Belege gibt. Bauhistoriker gehen davon aus, dass der heute zu sehende Bau aus dem 12. h. stammt. Dies würde in die Zeit der Entstehung der Schenkenburg fallen. Ob hier ein Zusammenhang besteht, kann jedoch nur vermutet werden. Eine weitere Besonderheit der Oberschüpfer Kirche ist eine Marienstatue, die heute in der kath. Kirche in Unterbalbach steht. Die etwa einen Meter hohe und schön geschnitzte Figur mit einem merkwürdig traurigen Geschichtsausdruck stammt vermutlich aus spätgotischer Zeit und schmückte einst den Innenraum der Oberschüpfer Kirche. Wann die Statue aus dem Kirchenraum entfernt wurde ist unklar. Bekannt ist jedoch, dass ein Unterbalbacher Tünchner die Figur 1843 auf dem Dachboden entdeckte und sie erwarb. Nachdem die Heiligenfigur lange Zeit als Schutzheilige das Haus des Tünchners "bewacht" hatte, kam die bemalte Holzstatue in die Unterbalbacher Kirche.
