Ernestus wurde in Mergentheim als Sohn des gräflichen hohenlohischen Sekretärs Balthasar Hettenbach und seiner Frau Anna geb. Plöchinger († 23. März 1580 in Wittenberg) geboren. Kaum drei Jahre alt, verlor er frühzeitig seinen Vater. Daraufhin begab sich seine Mutter mit der Familie nach Wittenberg, wo sie eine Stellung als Schulmeisterin an der Jungfrauenschule gefunden hatte. Sie hielt den jungen Ernestus an, auf der Wittenberger Stadtschule fleißig seine Übungen abzuhalten. So konnte sich Ernestus gemeinsam mit seinen Brüdern Georg und Michael am 2. Oktober 1562 an der Universität Wittenberg immatrikulieren. Da die Mutter nur 20 Gulden (je 21 Groschen), ein silbernes Schock (= 60 Groschen), 2 Groschen Quartalgeld von jeder Schülerin, 12 Scheffel Korn, 15 ß Kloben und 15 ß Reißbund, sowie freie Behausung an jährlichen Einkünften hatte, wurde es ihr gestattet ihre drei Söhne Georg, Michael und Ernestus, statt normalerweise vier Groschen Einschreibungsgebühren pro Person, diese für einen Groschen für alle drei Kinder zu immatrikulieren. Ernestus, der von Andreas Schato gefördert wurde, hatte an der philosophischen Fakultät 1576 den akademischen Grad eines Magisters erworben, fand zunächst in demselben Jahr eine Anstellung als Schulmeister. Daraufhin heiratete er am 24. November 1578 Maria Bennewitz. Nachdem er 1585 als Schuldiener tätig gewesen ist, erhielt er 1586 ein Stipendium an der medizinischen Fakultät der Universität, wo er nach der Promotion zum Doktor der Philosophie, am 20. April 1591 zum Doktor der Medizin über das Thema Skorbut promovierte. Nachdem sein Förderer Schato 1592 an die medizinische Fakultät gewechselt war, übertrug man Hettenbach dessen Professur der Physik, die er aber nur kurz bekleidete. Als der Medizinprofessor Salomon Alberti 1593 an den kurfürstlichen Hof als Leibarzt gegangen war, rückte Hettenbach auf die dritte medizinische Professur an der medizinischen Fakultät auf. Nach dem Tod von Franziskus Faber besetzte er die zweite medizinische Professur und rückte nach dem Tod seines Förders Schato auf dessen erste Professur und war damit der Senior der Fakultät. Während seiner medizinischen Universitätstätigkeit nahm er am 21. April 1610 am ersten wissenschaftlich dokumentierten Kaiserschnitt in der Medizingeschichte teil. Diesen hatte der Chirurg Jeremias Trautmann unter Assistenz eines zweiten Wundarztes Christoph Seesth an einer Frau, bei der bereits die Wehen eingesetzt hatten, durchgeführt. Unter den Augen Daniel Sennerts, der diesen Vorgang dokumentierte, Tobias Tandlers, Hettenbachs, des Archidiakons der Wittenberger Stadtkirche Magister Heinrich Silbermann, zweier Hebammen und anderer ehrbarer Frauen wurde diese Operation früh um acht Uhr durchgeführt. Nachdem der Kaiserschnitt erfolgt war, übernahmen Hettenbach und Sennert die Patenschaft über das Kind. Hettenbach verfasste des Weiteren noch Werke über Katarrh, über Schmerzen bei der Gicht und auch über mangelnde Behandlungserscheinungen der Syphilis. Hettenbach beteiligte sich auch an den organisatorischen Aufgaben der Universität. Nachdem er mehrfach Dekan der medizinischen und philosophischen Fakultät gewesen war, übernahm er im Wintersemester 1595 und 1609 das Rektorat der Hochschule, sowie das gleichbedeutende Pro-Rektorat im Wintersemester 1601, 1603 und 1615. Im September 1616 schied er aus gesundheitlichen Gründen aus dem Universitätsdienst und verstarb am 2. Oktober 1616. Besonders lobten seine Zeitgenossen seine Unverdrossenheit zur Arbeit und seine Liebe zu Frieden und Verträglichkeit. Am 6. Oktober wurde er in der Wittenberger Schlosskirche beigesetzt, wobei ihm Friedrich Balduin die Leichenpredigt hielt, die auch im Druck erschien. Ihm zu Ehren errichtete man ein Epitaph, das sich in stark verwitterten Zustand, an der Außenseite der Schlosskirche befindet.
