Über die Frühzeit des Geschlechts bis ins 12. Jahrhundert lassen sich keine gesicherten Angaben machen. Die erste sichere Erwähnung der Familie stammt aus dem Jahr 1128, als Emicho, Graf von Leiningen eine Urkunde des Mainzer Erzbischofs Adalbert I. von Saarbrücken bezeugte. Dieser Emich II. von Leiningen († vor 1138) wird in der neueren Literatur (Lit.: Toussaint 1982) als Stammvater des Adelsgeschlechts betrachtet. Für eine Abstammung von den Emichonen, den Grafen im Nahegau, den Nachweis zu führen, gestattet die Quellenlage nicht, wenngleich sie als wahrscheinlich anzunehmen ist. Auch die Beziehungen zum Kreuzfahrer Emicho lassen sich nicht mehr klären; möglicherweise war er der Großvater Emichs II. Emich II. baute das Kerngebiet seiner Herrschaft um die Burg Leiningen (heute Altleiningen) aus. Unbekannt ist sein Anteil am Bau oder Ausbau der Burg. In seine Zeit fällt die Gründung des Chorherrenstifts Höningen (siehe auch Höninger Lateinschule) zwischen 1119 und 1124. Nachfolger Emichs II. als regierende Grafen waren Emich III. († zwischen 1180 und 1187) und Friedrich I. (Emich) († vor 1214). Die Grafen von Leiningen erhielten 1204/05 die Landvogtei über den Speyergau sowie Vogtrechte über das Kloster Limburg. Zwischen 1212 und 1214 starben die Leininger in männlicher Linie aus. Nach dem Aussterben der Leininger im Jahr 1212 nahm der Neffe des letzten Grafen, Sohn seiner Schwester Liutgard und des Grafen Simon II. von Saarbrücken, als Friedrich II. den Namen Leiningen und das Wappen an. Damit begründete er die jüngere Linie Leiningen. Zum vorhandenen Leininger Besitz kamen vom Vater ererbte Güter (Hardenburg) sowie die Vogtei über das Kloster Limburg hinzu. Sein Sohn Friedrich III. erwarb 1241 die Grafschaft Dagsburg in den Vogesen. Der zweite Sohn, Emich IV., Gründer der Stadt Landau in der Pfalz, erhielt bei der Erbteilung von 1237 die Burg Landeck mitsamt allen dazugehörigen Ortschaften und Rechten und begründete die kurzlebige Linie Leiningen-Landeck, die aber schon 1289/1290 mit dem Tod seines Sohnes Emicho und Enkels Rudolf wieder erlosch. 1317 kam es unter den Enkeln Friedrichs III. zur Teilung in die beiden Linien Leiningen-Dagsburg und Leiningen-Hardenburg. Die (ältere) Linie Dagsburg starb schon 1467 wieder aus. Letzter dieser Linie war der noch 1444 zum Fürsten ernannte Landgraf Hesso von Leiningen-Dagsburg. Dessen Schwester Margarethe, verheiratet mit Reinhard III. von Westerburg, erhielt den größeren Teil des Erbes, weshalb sich die im Westerwald beheimateten Grafen von da an Leiningen-Westerburg nannten. Der Stammsitz der älteren Dagsburger Linie, die Dagsburg, fiel an die Linie Leiningen-Hardenburg, die daraufhin den Namen Leiningen-Dagsburg(-Hardenburg) annahm. Ab dem 15. Jahrhundert gab es also zwei gräfliche Häuser Leiningen, eine aus der älteren Dagsburger Linie hervorgegangene Familie Leiningen-Westerburg und eine aus der Linie Leiningen-Hardenburg hervorgegangene jüngere Familie Leiningen-Dagsburg, die nicht mit der älteren Dagsburger Linie verwechselt werden darf. Als Gräfin Margarethe von Leiningen-Westerburg (∞ Reinhard III. Herr von Westerburg († 1449) aus dem Haus Runkel-Westerburg) 1470 starb, fiel der gesamte Westerburger und Leininger Besitz an ihren Enkel Reinhard, der sich von da an "Graf zu Leiningen-Westerburg" nannte. Er vermachte seine pfälzischen Besitzungen seinem Sohn aus erster Ehe, Philipp, und teilte seine westerwäldischen Besitzungen unter den Söhnen Kuno und Georg aus zweiter Ehe. Somit entstanden zunächst auch hier drei Linien: Leiningen-Leiningen (bis 1622), Leiningen-Westerburg († 1597), Leiningen(-Westerburg)-Schaumburg (bis 1705). Das Haus Leiningen-Leiningen erwarb im 16. Jahrhundert die Grafschaft Rixingen in Lothringen und erhielt 1570, beim Aussterben der Grafen von Zweibrücken-Bitsch, auch einen Teil von deren Herrschaft, u. a. Oberbronn im Elsass. 1569 führten die Leininger die Reformation ein, hoben das Kloster Höningen auf und gründeten an dessen Stelle eine Lateinschule, auf die das heutige Leininger-Gymnasium in Grünstadt zurückgeht. Als 1622 Graf Ludwig von Leiningen-Leiningen starb, teilte sich dieses Haus wiederum in drei Linien: Leiningen-Leiningen († 1635), Leiningen-Rixingen († 1705), Leiningen-Oberbronn († 1665). Als 1705 mit Graf Philipp Ludwig von Leiningen-Rixingen die letzte dieser Linien ausstarb, fielen diese Teile an die überlebenden Verwandten aus der Schaumburger Linie. Die Hauptlinie Leiningen-Westerburg starb schon 1597 aus, ihre Besitzungen fielen ebenfalls an die Nebenlinie Leiningen-Schaumburg. 1695/1705 teilte sich auch diese Linie mehrfach. Von diesen Nebenlinien des gräflichen Hauses Leiningen existierten zwei bis in das 20. Jahrhundert: Leiningen-Westerburg-Altleiningen (besteht in einer Linie in Österreich nominell bis heute), Leiningen-Westerburg-Neuleiningen († 1956). Die linksrheinischen Besitzungen der Grafen wurden im Gefolge der Französischen Revolution 1793 dem französischen Staat einverleibt, die beiden Grafen von Alt- und Neuleiningen in Paris vorübergehend inhaftiert. Sie wurden im Reichsdeputationshauptschluss 1803 mit den ehemaligen Abteien Ilbenstadt und Engelthal in der Wetterau entschädigt. 1806 wurden ihre Güter den Großherzogtümern Berg und Hessen-Darmstadt bzw. den Fürstentümern Nassau-Weilburg und Nassau-Usingen einverleibt. Die andere Linie, Leiningen-Dagsburg-Hardenburg, konnte sich im Besitz der Landvogtei Unterelsass dort weiteren Besitz verschaffen. 1466 erwarb diese Linie die Herrschaft Apremont in Lothringen. Eine bereits 1343 abgespaltene Linie zu Rixingen fiel 1506 an Pfalz-Zweibrücken. Leiningen-Hardenburg konnte im 15. und 16. Jahrhundert Weißenburger Lehen erlangen, doch 1560 erfolgte eine weitere Teilung, aus der die Linien Leiningen-Dagsburg-Hardenburg und Leiningen-Dagsburg-Falkenburg (bis 1658) hervorgingen. Von 1560 bis 1725 war die Hardenburg Hauptsitz des Familienzweiges und wurde in dieser Epoche zum Residenzschloss ausgebaut. Im Pfälzischen Erbfolgekrieg (1688–1697) zerstörten die Franzosen 1692 die Festungswerke der Anlage und sie blieb ruinös. Deshalb verlegten die Grafen von Leiningen-Dagsburg-Hardenburg ihre Residenz 1725 in das nahe gelegene Schloss Dürkheim, das am Platz des heutigen Kurhauses stand. Schon 1504 bis 1508 errichtete Graf Emich IX. von Leiningen-Hardenburg († 1535) hier eine Grabkapelle seiner Familienlinie, mit (nicht zugänglicher) Gruft, angebaut am südöstlichen Seitenschiff der Dürkheimer Schlosskirche. Es handelt sich um einen spätgotischen Bau mit zwei Giebeln, einem Satteldach und Rippengewölbe, der räumlich mit der Kirche verbunden ist. Im Inneren haben sich mehrere gotische Grabplatten und Renaissance-Epitaphien der Familie erhalten. Der Kaiser erhob den Grafen Carl Friedrich Wilhelm 1779 in den Reichsfürstenstand mit Kuriatstimme im Wetterauischen Grafenkollegium. Als die Französische Revolution in den 1790er Jahren auch auf Südwest- und Westdeutschland übergriff, wurde die Familie 1796 aus der Residenz Dürkheim und aus allen linksrheinischen Besitztümern vertrieben. Das Schloss in Dürkheim wurde angezündet und brannte aus. 1801 gingen die linksrheinischen Güter der Linie an Frankreich, weshalb sie 1803 durch den Reichsdeputationshauptschluss mit verschiedenen ehemaligen Kurmainzer und Würzburger Besitzungen im Odenwald entschädigt wurde und das neue Fürstentum Leiningen mit Sitz in der ehemaligen Abtei Amorbach bildete. Fürst Carl wurde eine Virilstimme im Reichsfürstenrat zugesprochen, statt des Grafentitels von Leiningen-Dagsburg-Hardenburg nahm er den Titel Reichsfürst zu Leiningen, Pfalzgraf zu Mosbach, Graf zu Düren, Herr zu Miltenberg, Amorbach, Bischofsheim, Boxberg, Schüpf und Lauda an. Durch Mediatisierung und den Einfluss Napoleons verlor er aber 1806 seine staatliche Souveränität an das Großherzogtum Baden. Dieses trat 1810 Gebietsteile an das Großherzogtum Hessen-Darmstadt ab, das sie als Ergebnis des Wiener Kongresses 1816 an das Königreich Bayern weiterreichte. Diese fürstliche Linie zu Leiningen ist die letzte bis heute existierende Linie des Gesamthauses Leiningen.
