Nach etwa einem Kilometer, direkt nach der Unterquerung der K 2513 von Hausen am Bach nach Gammesfeld südlich von Rot am See-Hertershofen, wechselt das Flüsschen seine Fließrichtung nach Norden. Es fließt östlich an Hertershofen vorbei und ändert kurz nach der Unterquerung der K 2677 am Rand des Gammesfelder Muschelkalkbruches die Richtung nach Nordwesten. Das Flüsschen wechselt hier auch auf das Gebiet der Gemarkung Blaufelden über. Es zieht in deren Nordosten an der Ortschaft Gammesfeld vorbei. Kurz danach läuft der Schandtauber von links und Süden der Heufelgraben zu, worauf sie in nördlicher Richtung weiterläuft. Nach etwa einem halben Kilometer mündet in sie, wieder von links, der Langenkelchgraben. Die Schandtauber wendet nun ihren Lauf nach Nordosten und kurz danach, etwa einen halben Kilometer südöstlich von Standorf, in einem kleinen Bogen nach Osten. Sie überschreitet nun die Grenze von Baden-Württemberg nach Bayern und passiert auf deren linker Seite einen Steinbruch, gegenüber ist ihr kleiner Hang hier nun bewaldet. Nach Norden läuft sie durch das Pfarrdorf Bettenfeld von Rothenburg ob der Tauber, fließt in inzwischen ausgeprägtem Tal mit Hangbewaldung an der Obermühle vorbei und wechselt danach an der Mittelmühle ihre Richtung nach Nordosten. Danach passiert sie den Ortsteil Burgstall, der über der oberen linken Hangkante liegt, weiter talab die Hollermühle und die Hammerschmiede, die beide an ihrem linken Ufer liegen. Gleich anschließend passiert sie den Schandhof über einem linken, nordwestlichen Prallhang und läuft dann nordöstlich weiter bis zur Schmelzmühle bei Rothenburg, wo sie schließlich, keinen halben Kilometer südlich der Spitalsbastion der mittelalterlichen Stadt über dem rechten Tauberhang, von links in die Tauber mündet. Die Schandtauber entwässert 44,5 km², die ganz im Naturraum Hohenloher und Haller Ebene liegen, und zwar in dessen Unterräumen Südwestliche und Nordöstliche Rothenburger Landwehr; ein kleiner Zwickel im Mündungsbereich zuletzt im Oberen Taubertal. Das Einzugsgebiet hat etwa die Gestalt einer nord-südlich ausgerichteten Ellipse zwischen – im Norden – der Waldmitte des großflächigen Hochholzes südlich von Spielbach und – im Süden – dem Weiler Hegenau von Rot am See. Im Westen läuft seine Grenze zwischen Speckheim und Funkstatt hindurch, in seiner Mitte liegt Leuzendorf und bei Bettenfeld streckt es sich beidseits des Unterlaufs zu einem über vier Kilometer langen, aber nirgends auch nur anderthalb Kilometer breiten nordöstlichen Schlauch bis zur Mündung aus. Im Südwesten und Westen grenzt das Einzugsgebiet der Brettach an, die über die Jagst zum Neckar entwässert, hier liegt also eine große Wasserscheide an. Alle anderen Konkurrenten entwässern wie die Schandtauber direkt oder indirekt zur Tauber. Im Nordwesten ist es der Reutalbach, der über die (Weikersheimer) Vorbach diesen bedeutenden Mainzufluss erreicht; im Norden der Herrgottsbach, der sie in Creglingen erreicht, ebenfalls recht weit im Norden; im Nordosten der (Rothenburger) Vorbach sowie der noch kürzere Blinkbach. Weiter im Uhrzeigersinn schließen sich im Osten jenseits des Unterlauf-Schlauchs der Schandtauber die Einzugsgebiete von Wethbach und Lohrbach an, im Südosten und Osten schließlich das des Rohrbachs nahe bei Hausen am Bach. Weil die Schandtauber in verkarsteter Landschaft fließt, ist die unterirdische Entwässerung sehr bedeutsam; es kann deshalb die effektive Einzugsgebietsgrenze von den Talscheidelinien, die man in der Landschaft erkennt, deutlich abweichen. Bekannt ist etwa, dass der Brettach-Zufluss Wiesenbach durch Versickerung Wasser an die Schandtauber verliert.
Schandtauberhöhle
Während bis dorthin die Schandtauber oberirdisch nur ein kleines Wassergerinnsel ist, tritt bei Bettenfeld unterirdisch in einem Höhlensystem fließendes Wasser aus einer kräftigeren Karstquelle zutage. Manche sehen deshalb erst hier den Ursprung der Schandtauber. Bevor das Wasser an das Tageslicht tritt, fließt es unter der Erdoberfläche schon einige Kilometer in Hohlräumen, deren Querschnitt 3 m² erreicht. Sie bilden die größte bekannte Muschelkalkhöhle Süddeutschlands; sie steht seit 1984 unter Naturschutz. Sie ist vom Bayerischen Landesamt für Umwelt als Geotop 571H001 ausgewiesen.
Mühlen
Vom starken Gefälle der Schandtauber wurden am Unterlauf insgesamt sieben Mühlen betrieben, darunter die Ober- und die Mittelmühle, die Hollermühle und die Hammerschmiede. Die Hammerschmiede wurde im 17. Jahrhundert gegründet, hier trieben 1825 drei oberschlächtige Wasserräder drei Schlaghämmer an. Ein Teil des Wassers wurde hier durch ein Wehr abgeleitet, um die nötige Fallhöhe zum Antrieb der Wasserräder zu erhalten. Hergestellt wurden dort eiserne Gerätschaften wie Pflüge, Sensen, Schaufeln, Äxte usw.
Biosphäre
Am Ufer des Flüsschens wachsen bevorzugt Weiden, Schwarzerlen und Eschen. Das saubere Wasser (Gewässergüteklasse II) der Schandtauber ist ein recht guter Lebensraum für Fische und andere Wasserbewohner. So kommen in ihr u. a. die Bachforelle, die Mühlkoppe sowie der Steinkrebs und die Köcherfliegenlarve vor. Im Höhlensystem der Schandtauber leben Höhlenbewohner wie Höhlenschnecken und Fledermäuse.
