Die Seckach entspringt in der Nähe des Buchener Ortsteils Waldhausen in quellreicher Gegend und nimmt schon früh Nebenäste auf. Sie fließt zunächst in südöstliche und südliche Richtung. Zwischen den Gemeinden Seckach und Adelsheim nimmt die Seckach ein paar immer kräftiger werdende Nebenflüsse auf. In Zimmern mündet der Schlierbach. Zwischen Hemsbach und Adelsheim mündet der Rinschbach, der bei Götzingen im Bauland entspringt. In Adelsheim schließlich empfängt die Seckach ihren größten Nebenfluss, die Kirnau, die ihre Ursprünge bei Altheim im Bauland hat. Auffallend ist an der Mündung, wie sehr das Wasser der Kirnau jenes der Seckach zur Seite drängt. so dass unklar ist, welcher der Bäche der kräftigere ist. Nach dem Zusammenfluss jedenfalls kann die Seckach ein kleiner Fluss genannt werden. Auf ihrem weiteren Weg der Jagst entgegen fließt die Seckach in großen Schwüngen nach Süden und nimmt noch weitere dauerhaft wasserführende Bäche auf, von denen der Fischbach der größte ist. Er mündet wenig südlich von Sennfeld. In Möckmühl floss die Seckach früher parallel zur Stadtmauer und bot an einem Wehr zusammen mit der Altstadt eine malerische Perspektive. Heute ist sie auf einer Länge von mehreren hundert Metern verdolt. Ihre Mündung wurde um 1900 beim Bau der Jagsttalbahn und eines E-Werks ein Stück nach Süden verlegt. Das Wasser der Seckach ist sehr sauerstoffreich, sauber und relativ kalt. Dieser Umstand begünstigt die Forelle, die hier zahlreich vorkommt. Im Unterlauf gibt es auch Aale. Einst lebten in der Seckach auch Flusskrebse. Bereits im Mittelalter nutzten Mühlen die Wasserkraft der Seckach. Die Stadtmühle von Möckmühl ist 1471 belegt und bestand damals wohl schon längere Zeit, ebenso wie die benachbarte Lohemühle. Allein im Flussabschnitt von Sennfeld bis zur Mündung bei Möckmühl sind 23 Wassertriebwerke nachgewiesen. Handelte es sich bis zum 19. Jahrhundert überwiegend um Mahlmühlen, Schleifmühlen, Sägmühlen, Hammerwerke, Ölmühlen und ähnliche, so trieb ab dem späten 19. Jahrhundert das Wasser der Seckach vor allem Turbinen zur Stromerzeugung an. Einige kleine Elektrizitätswerke längs des Flusses sind bis heute in Betrieb und gehen auf einstige Mühlenstandorte zurück, so das E-Werk am Platz der früheren Gernerschen Mühle bei Möckmühl. Mehrere Industriestandorte der Region gehen auf frühere Mühlenstandorte zurück, u. a. Pucaro in Roigheim oder Texon und Agria in Möckmühl. Ein kleiner Teil des Seckachtals im Oberlauf kurz vor dem Ort Seckach wurde unter dem Namen Seckachtal als Naturschutzgebiet ausgewiesen. Schutzzweck ist die Sicherung und Erhaltung des in diesem Gebiet vorhandenen wertvollen Mosaiks unterschiedlicher Lebensräume, nämlich des Baches mit seiner Gewässergüte als Lebensraum einer vielfältigen aquatischen Flora und Fauna, des gewässerbegleitenden Ufergehölzes als Rest naturnaher Auwaldgesellschaften, der gewässerbegleitenden feuchten Talwiesen und der Talflanken, die wegen ihres Strukturreichtums ein ideales Rückzugsgebiet für eine Vielzahl von Pflanzen und Tieren sind. Geologisch von Interesse sind die Schwemmkegel durch die regelmäßigen Hochwasser bis in die Neuzeit.
