Das Kloster wurde 1153 als Filialkloster des Klosters Maulbronn von Wolfram von Bebenburg in Neusaß gegründet. 1157 bis 1163 erfolgte bereits der Umzug ins wenige hundert Meter entfernte "schöne Tal" der Jagst, da das ursprüngliche Gelände in Neusaß sich als ungünstig erwiesen hatte. Das Gelände in Schöntal stellten die Herren von Berlichingen zur Verfügung, die im Gegenzug das Recht der Grablege im Kreuzgang des Klosters erhielten. Im Ostflügel des Kreuzgangs ist auch Götz von Berlichingen begraben. Das Kloster stand unter dem Schutz des Bischofs von Würzburg. Zunächst entwickelte sich das Kloster gut, so war es bereits seit 1177 in Heilbronn begütert. Es kam aber bereits zu Beginn des 13. Jahrhunderts in Finanznöte. Das Kloster Maulbronn, das sich selber in Schwierigkeiten befand, übergab das Kloster daher 1282 an das Kloster Kaisheim, dessen Abt Trutwin 1283 alle Schulden Schöntals tilgte. In der Folge ging es mit Kloster Schöntal wieder aufwärts. Auf dem Konstanzer Konzil erhielt es 1418 die Reichsunmittelbarkeit verliehen, die es bis 1495 behielt. Es war nun in allen weltlichen Angelegenheiten allein dem Kaiser verantwortlich. Während des Bauernkrieges 1525 wurde Schöntal mehrfach ausgeraubt und erlitt starke Zerstörungen. Im Laufe der Reformation konnte man sich zwar gegen die Aufhebung wehren, die Klostergebäude waren aber inzwischen unbewohnbar geworden. In den Jahren 1617/1618 wurde deshalb unter Abt Theobald Fuchs die Alte Abtei errichtet, in der die Mönche sowie der Abtstrakt untergebracht waren. Während des Dreißigjährigen Krieges wurde das Kloster belagert, schließlich mussten die Mönche 1631 fliehen und das Kloster der mehrfachen Plünderung überlassen. 1648 wurden mehrmals Soldaten in den Gebäuden einquartiert. Unter Abt Benedikt Knittel (Abt von 1683 bis 1732) erlebte das Kloster schon bald eine neue Blüte. Unter ihm wurde die von Leonhard Dientzenhofer geplante Barockkirche erbaut, außerdem das palastartige Konventsgebäude mit dem Rokoko-Treppenhaus. Im Kloster lebten etwa 40 Mönche, dazu kamen etwa 30 Konversen (Laien), die außerhalb des Klosters nach mönchischem Vorbild lebten. Das Kloster wurde 1802 säkularisiert, indem es vom Königreich Württemberg besetzt wurde. Die Klostereinrichtung wurde nach Stuttgart verbracht und die Gebäude zunächst als Oberamt genutzt. Von 1810 bis 1975 beherbergte Kloster Schöntal das Evangelisch-theologische Seminar, eine evangelische Klosterschule. Heute werden die Gebäude von der katholischen Diözese Rottenburg-Stuttgart als Tagungshaus, als Waldschulheim für Schulen sowie als Rathaus der Gemeinde Schöntal genutzt. Abtei und Klosterkirche können im Rahmen von Führungen besichtigt werden. Über die Geschichte des Klosters informiert eine Dauerausstellung im Informationszentrum. Kloster Schöntal zählt zu den landeseigenen Monumenten und wird von der Einrichtung Staatliche Schlösser und Gärten Baden-Württemberg betreut. Zur Anlage gehören neben der Barockkirche mit ihrer reichen Ausstattung und dem ebenso prunkvollen Konventsgebäude zahlreiche Wirtschaftsgebäude, Torhäuser, der "Mohrenbrunnen", ein großer Klostergarten sowie ein Friedhof mit barocker Friedhofskapelle und Mesnerhaus auf dem neben dem Kloster liegenden Kreuzberg. Im Sommer finden in der Klosterkirche Konzerte im Rahmen des Hohenloher Kultursommers statt. Ebenfalls zum Kloster zählt die wenige hundert Meter entfernte Wallfahrtskapelle Neusaß.
